აგრარული უნივერსიტეტს განათლების ხარისხის ეროვნულმა ცენტრმა ავტორიზაცია 2013 წლის 12 მარტს გაუუქმა.  განათლების ხარისხის ეროვნული ცენტრის განცხადებით, აგრარული უნივერსიტეტის შემოწმება დაიწყო 2013 წლის 3 იანვარს რამდენიმე კვირით ადრე ავტორიზაციის სტანდარტების დარღვევაზე შესული განცხადების საფუძველზე.  აგრარული უნივერსიტეტისთვის ავტორიზაციის გაუქმებას სხვადასხვა უნივერსიტეტების სტუდენტთა საპროტესტო აქციები მოჰყვა. 

აგრარული უნივერსიტეტს ფლობდა არასამეწარმეო, არაკომერციული პირი ”ცოდნის ფონდი”, რომელიც 2007 წელს ”თავისუფალი უნივერსიტეტის” ხელმძღვანელმა კახა ბენდუქიძემ დააფუძნა. ბენდუქიძე ამ შემოწმებას პოლიტიკურ გადაწყვეტილებად მიიჩნევდა.

”საქმის პოლიტიზება განათლების სისტემას ავნებს”, – ასე გამოეხმაურა საქართველოს განათლებისა და მეცნიერების მინისტრი გიორგი მარგველაშვილი აგრარული უნივერსიტეტის რექტორის განცხადებას. მისი თქმით, განათლების ხარისხის განვითარების ეროვნული ცენტრი თავის საქმეს ასრულებდა.

აქცია აგრარული უნივერსიტეტის ავტორიზაციის აღდგენის მოთხოვნით 11 მარტს მაშინვე დაიწყო, როგორც კი სტუდენტებმა გაიგეს, რომ ავტორიზაციას საფრთხე ემუქრებოდა. 13 მარტს თავისუფალი, ტექნიკური, ილიას და თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტების, სამხატვრო აკადემიის და სხვა უმაღლესი სასწავლებლების სტუდენტებმა სოლიდარობა გამოუცხადეს აგრარულ უნივერსიტეტს და მისთვის ავტორიზაციის შეჩერება გააპროტესტეს. სტუდენტებმა აქციები ჯერ საკუთარ უნივერსიტეტებთან გამართეს, შემდეგ კი განათლებისა და მეცნიერების სამინისტროსთან შეიკრიბნენ. აქციის მონაწილე რამდენიმე სტუდენტს განათლების მინისტრი გიორგი მარგველაშვილი შეხვდა. მან შეხვედრის შემდეგ გამართულ ბრიფინგზე განაცხადა, რომ აგრარული უნივერსიტეტი არავის დაუხურავს. გიორგი მარგველაშვილი სტუდენტებს დაჰპირდა, რომ მაქსიმალურად მოკლე დროში მოაგვარებდნენ პრობლემას და აგრარული უნივერსიტეტის ავტორიზაციის საკითხიც გადაწყდებოდა. 

მომდევნო დღეებშიც გაგრძელდა აგრარული უნივერსიტეტის სტუდენტთა აქციები. მათი მოთხოვნა უცვლელი იყო – გაუქმდეს განათლების ხარისხის განვითარების ეროვნული ცენტრის 12 მარტის გადაწყვეტილება უნივერსიტეტისთვის ავტორიზაციის გაუქმების თაობაზე.

20 მარტს სტუდენტები განათლების სამინისტროს შენობასთან შეიკრიბნენ და პროტესტი სიმბოლური ფორმით გამოხატეს. სტუდენტებმა სამინისტროსთან მიიტანეს მერხები, დაფა, სკამები და ღია ცის ქვეშ ლექცია გამართეს, რომელიც უნივერსიტეტის ლექტორმა ლევან ტატიშვილმა წაიკითხა და მეხსიერების თემას მიეძღვნა.

26 მარტს აგრარულ უნივერსიტეტს ავტორიზაცია აღუდგა. ავტორიზაციის საბჭოს შეფასებით, ხარვეზებიდან, რომლებიც გახდა აგრარული უნივერსიტეტისათვის ავტორიზაციის შეჩერების მიზეზი, უმრავლესობა უკვე გამოსწორებული იყო.